এ মাদরাসায় ইবতেদায়ী (প্রথমিক) স্তর থেকে কামিল (স্নাতকোত্তর) স্তর পর্যন্ত পাঠদানের ক্ষেত্রে নিম্নোক্ত পাঠ্যক্রম অনুসারে করা হয়:

• ০১. বাংলাদেশ মাদরাসা শিক্ষাবোর্ড, ঢাকা এর প্রণীত ও অনুমোদিত পাঠ্যক্রম (প্রথম শ্রেণি থেকে আলিম পর্যন্ত)

• ০২. ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয়, কুষ্টিয়া এর প্রাণীত ও অনুমোদিত পাঠ্যক্রম (ফাযিল পাস কোর্স, ফাযিল অনার্স কোর্স ও ফাযিল স্তর (স্নাতকোত্তর)।

• ০৩. ইসলামী আরবি বিশ্ববিদ্যালয় এর প্রণীত ও অনুমোদিত পাঠ্যক্রম (ফাযিল পাস কোর্স, ফাযিল অনার্স কোর্স ও ফাযিল স্তর (স্নাতকোত্তর)

• ০৫. তালিমুল কুরআন বিভাগের জন্য নূরানী পদ্ধতিতে কুরআন শিক্ষার পাঠ্যক্রম অনুসরণ করা হয়।

• ০৬. তাখসীসী বিভাগের জন্য মাদরাসার নিজস্ব পাঠ্যক্রম অনুসরণ করা হয়।

ইসলামী আরবি বিশ্ববিদ্যালয়, ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয়-কুষ্টিয়া, বাংলাদেশ মাদরাসা শিক্ষাবোর্ড এবং দারুননাজাতের নিজস্ব সিলেবাস অনুযায়ী এর পাঠ্যক্রম চালু রয়েছে। ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয় ও বাংলাদেশ মাদরাসা শিক্ষা বোর্ড অনুমোদিত সিলেবাসসহ আরবী ও ইংরেজি ভাষায় দক্ষতা বৃদ্ধির লক্ষ্যে বিশেষ গুরুত্ব দেয়া হয়। এ জন্যে আরবী ও ইংরেজি বিষয়ে নিজেদের রচিত পুস্তক অতিরিক্ত পড়ানো হয়। বিশুদ্ধ কুরআন তেলাওয়াতের জন্য তা’লীমুল কুরআন বিভাগের অধীনে নূরানী পদ্ধতিতে কুরআন শিক্ষার বিশেষ ব্যবস্থা রয়েছে। দাখিল ও আলিম শ্রেণীতে বিজ্ঞান ও কম্পিউটার বিভাগ, ফাযিল শ্রেণীতে পাস কোর্সসহ আল কুরআন এন্ড ইসলামিক স্টাডিজ ও আল হাদীস এন্ড ইসলামিক স্টাডিজ এ দুটো বিষয়ে অনার্স কোর্স এবং কামিল শ্রেণীতে হাদীস বিভাগ চালু রয়েছে। ব্যবহারিক জীবনে ইসলামী অনুশাসন পালনের জন্যে সহজ ফিকহ ও সাধারণ জ্ঞানের পুস্তক নির্ধারিত পাঠ্য তালিকার অন্তর্ভুক্ত।